fslsub

run_template_construction.py

@@ -523,7 +523,7 @@ def submitJob(name, log_dir, queue, wait_for=[], script=None, command=None, copr
     # job_id = stream.read()
 
     try:
-        result = subprocess.run(command, capture_output, text=True, check=True)
+        result = subprocess.run(cmd, capture_output=True, text=True, check=True)
     except subprocess.CalledProcessError as e:
         print(str(e), file=sys.stderr)
         return None
@@ -811,18 +811,18 @@ if __name__ == "__main__":
     job_ids = ['' for _ in range(100)]
     task_count = 0
 
-    os.mkdir(base_dir, mode=0o777) if not os.path.exists(base_dir) else print(base_dir + ' exists')
-    os.chmod(base_dir, 0o777)
+    os.mkdir(base_dir, mode=0o770) if not os.path.exists(base_dir) else print(base_dir + ' exists')
+    os.chmod(base_dir, 0o770)
 
     tree = FileTree.read(tree_path, top_level='')
     tree = tree.update(data_dir=data_dir, template_dir=base_dir)
 
     script_dir = tree.get('script_dir')
-    os.mkdir(script_dir, mode=0o777) if not os.path.exists(script_dir) else print(script_dir + ' exists')
+    os.mkdir(script_dir, mode=0o770) if not os.path.exists(script_dir) else print(script_dir + ' exists')
     log_dir = tree.get('log_dir')
-    os.mkdir(log_dir, mode=0o777) if not os.path.exists(log_dir) else print(log_dir + ' exists')
+    os.mkdir(log_dir, mode=0o770) if not os.path.exists(log_dir) else print(log_dir + ' exists')
     misc_dir = tree.get('misc_dir')
-    os.mkdir(misc_dir, mode=0o777) if not os.path.exists(misc_dir) else print(misc_dir + ' exists')
+    os.mkdir(misc_dir, mode=0o770) if not os.path.exists(misc_dir) else print(misc_dir + ' exists')
     shutil.copyfile(identity_path,tree.get('identity_mat'))
 
     ref_idx = 0