Adding FreeSurfer functionality

bb_data/FS_data_ex/aparc.a2009s_lh_volume.txt

+lh.aparc.a2009s.volume lh_G&S_frontomargin_volume lh_G&S_occipital_inf_volume lh_G&S_paracentral_volume lh_G&S_subcentral_volume lh_G&S_transv_frontopol_volume lh_G&S_cingul-Ant_volume lh_G&S_cingul-Mid-Ant_volume lh_G&S_cingul-Mid-Post_volume lh_G_cingul-Post-dorsal_volume lh_G_cingul-Post-ventral_volume lh_G_cuneus_volume lh_G_front_inf-Opercular_volume lh_G_front_inf-Orbital_volume lh_G_front_inf-Triangul_volume lh_G_front_middle_volume lh_G_front_sup_volume lh_G_Ins_lg&S_cent_ins_volume lh_G_insular_short_volume lh_G_occipital_middle_volume lh_G_occipital_sup_volume lh_G_oc-temp_lat-fusifor_volume lh_G_oc-temp_med-Lingual_volume lh_G_oc-temp_med-Parahip_volume lh_G_orbital_volume lh_G_pariet_inf-Angular_volume lh_G_pariet_inf-Supramar_volume lh_G_parietal_sup_volume lh_G_postcentral_volume lh_G_precentral_volume lh_G_precuneus_volume lh_G_rectus_volume lh_G_subcallosal_volume lh_G_temp_sup-G_T_transv_volume lh_G_temp_sup-Lateral_volume lh_G_temp_sup-Plan_polar_volume lh_G_temp_sup-Plan_tempo_volume lh_G_temporal_inf_volume lh_G_temporal_middle_volume lh_Lat_Fis-ant-Horizont_volume lh_Lat_Fis-ant-Vertical_volume lh_Lat_Fis-post_volume lh_Pole_occipital_volume lh_Pole_temporal_volume lh_S_calcarine_volume lh_S_central_volume lh_S_cingul-Marginalis_volume lh_S_circular_insula_ant_volume lh_S_circular_insula_inf_volume lh_S_circular_insula_sup_volume lh_S_collat_transv_ant_volume lh_S_collat_transv_post_volume lh_S_front_inf_volume lh_S_front_middle_volume lh_S_front_sup_volume lh_S_interm_prim-Jensen_volume lh_S_intrapariet&P_trans_volume lh_S_oc_middle&Lunatus_volume lh_S_oc_sup&transversal_volume lh_S_occipital_ant_volume lh_S_oc-temp_lat_volume lh_S_oc-temp_med&Lingual_volume lh_S_orbital_lateral_volume lh_S_orbital_med-olfact_volume lh_S_orbital-H_Shaped_volume lh_S_parieto_occipital_volume lh_S_pericallosal_volume lh_S_postcentral_volume lh_S_precentral-inf-part_volume lh_S_precentral-sup-part_volume lh_S_suborbital_volume lh_S_subparietal_volume lh_S_temporal_inf_volume lh_S_temporal_sup_volume lh_S_temporal_transverse_volume BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc.a2009s_rh_area.txt

+rh.aparc.a2009s.area rh_G&S_frontomargin_area rh_G&S_occipital_inf_area rh_G&S_paracentral_area rh_G&S_subcentral_area rh_G&S_transv_frontopol_area rh_G&S_cingul-Ant_area rh_G&S_cingul-Mid-Ant_area rh_G&S_cingul-Mid-Post_area rh_G_cingul-Post-dorsal_area rh_G_cingul-Post-ventral_area rh_G_cuneus_area rh_G_front_inf-Opercular_area rh_G_front_inf-Orbital_area rh_G_front_inf-Triangul_area rh_G_front_middle_area rh_G_front_sup_area rh_G_Ins_lg&S_cent_ins_area rh_G_insular_short_area rh_G_occipital_middle_area rh_G_occipital_sup_area rh_G_oc-temp_lat-fusifor_area rh_G_oc-temp_med-Lingual_area rh_G_oc-temp_med-Parahip_area rh_G_orbital_area rh_G_pariet_inf-Angular_area rh_G_pariet_inf-Supramar_area rh_G_parietal_sup_area rh_G_postcentral_area rh_G_precentral_area rh_G_precuneus_area rh_G_rectus_area rh_G_subcallosal_area rh_G_temp_sup-G_T_transv_area rh_G_temp_sup-Lateral_area rh_G_temp_sup-Plan_polar_area rh_G_temp_sup-Plan_tempo_area rh_G_temporal_inf_area rh_G_temporal_middle_area rh_Lat_Fis-ant-Horizont_area rh_Lat_Fis-ant-Vertical_area rh_Lat_Fis-post_area rh_Pole_occipital_area rh_Pole_temporal_area rh_S_calcarine_area rh_S_central_area rh_S_cingul-Marginalis_area rh_S_circular_insula_ant_area rh_S_circular_insula_inf_area rh_S_circular_insula_sup_area rh_S_collat_transv_ant_area rh_S_collat_transv_post_area rh_S_front_inf_area rh_S_front_middle_area rh_S_front_sup_area rh_S_interm_prim-Jensen_area rh_S_intrapariet&P_trans_area rh_S_oc_middle&Lunatus_area rh_S_oc_sup&transversal_area rh_S_occipital_ant_area rh_S_oc-temp_lat_area rh_S_oc-temp_med&Lingual_area rh_S_orbital_lateral_area rh_S_orbital_med-olfact_area rh_S_orbital-H_Shaped_area rh_S_parieto_occipital_area rh_S_pericallosal_area rh_S_postcentral_area rh_S_precentral-inf-part_area rh_S_precentral-sup-part_area rh_S_suborbital_area rh_S_subparietal_area rh_S_temporal_inf_area rh_S_temporal_sup_area rh_S_temporal_transverse_area rh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc.a2009s_rh_thickness.txt

+rh.aparc.a2009s.thickness rh_G&S_frontomargin_thickness rh_G&S_occipital_inf_thickness rh_G&S_paracentral_thickness rh_G&S_subcentral_thickness rh_G&S_transv_frontopol_thickness rh_G&S_cingul-Ant_thickness rh_G&S_cingul-Mid-Ant_thickness rh_G&S_cingul-Mid-Post_thickness rh_G_cingul-Post-dorsal_thickness rh_G_cingul-Post-ventral_thickness rh_G_cuneus_thickness rh_G_front_inf-Opercular_thickness rh_G_front_inf-Orbital_thickness rh_G_front_inf-Triangul_thickness rh_G_front_middle_thickness rh_G_front_sup_thickness rh_G_Ins_lg&S_cent_ins_thickness rh_G_insular_short_thickness rh_G_occipital_middle_thickness rh_G_occipital_sup_thickness rh_G_oc-temp_lat-fusifor_thickness rh_G_oc-temp_med-Lingual_thickness rh_G_oc-temp_med-Parahip_thickness rh_G_orbital_thickness rh_G_pariet_inf-Angular_thickness rh_G_pariet_inf-Supramar_thickness rh_G_parietal_sup_thickness rh_G_postcentral_thickness rh_G_precentral_thickness rh_G_precuneus_thickness rh_G_rectus_thickness rh_G_subcallosal_thickness rh_G_temp_sup-G_T_transv_thickness rh_G_temp_sup-Lateral_thickness rh_G_temp_sup-Plan_polar_thickness rh_G_temp_sup-Plan_tempo_thickness rh_G_temporal_inf_thickness rh_G_temporal_middle_thickness rh_Lat_Fis-ant-Horizont_thickness rh_Lat_Fis-ant-Vertical_thickness rh_Lat_Fis-post_thickness rh_Pole_occipital_thickness rh_Pole_temporal_thickness rh_S_calcarine_thickness rh_S_central_thickness rh_S_cingul-Marginalis_thickness rh_S_circular_insula_ant_thickness rh_S_circular_insula_inf_thickness rh_S_circular_insula_sup_thickness rh_S_collat_transv_ant_thickness rh_S_collat_transv_post_thickness rh_S_front_inf_thickness rh_S_front_middle_thickness rh_S_front_sup_thickness rh_S_interm_prim-Jensen_thickness rh_S_intrapariet&P_trans_thickness rh_S_oc_middle&Lunatus_thickness rh_S_oc_sup&transversal_thickness rh_S_occipital_ant_thickness rh_S_oc-temp_lat_thickness rh_S_oc-temp_med&Lingual_thickness rh_S_orbital_lateral_thickness rh_S_orbital_med-olfact_thickness rh_S_orbital-H_Shaped_thickness rh_S_parieto_occipital_thickness rh_S_pericallosal_thickness rh_S_postcentral_thickness rh_S_precentral-inf-part_thickness rh_S_precentral-sup-part_thickness rh_S_suborbital_thickness rh_S_subparietal_thickness rh_S_temporal_inf_thickness rh_S_temporal_sup_thickness rh_S_temporal_transverse_thickness rh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc.a2009s_rh_volume.txt

+rh.aparc.a2009s.volume rh_G&S_frontomargin_volume rh_G&S_occipital_inf_volume rh_G&S_paracentral_volume rh_G&S_subcentral_volume rh_G&S_transv_frontopol_volume rh_G&S_cingul-Ant_volume rh_G&S_cingul-Mid-Ant_volume rh_G&S_cingul-Mid-Post_volume rh_G_cingul-Post-dorsal_volume rh_G_cingul-Post-ventral_volume rh_G_cuneus_volume rh_G_front_inf-Opercular_volume rh_G_front_inf-Orbital_volume rh_G_front_inf-Triangul_volume rh_G_front_middle_volume rh_G_front_sup_volume rh_G_Ins_lg&S_cent_ins_volume rh_G_insular_short_volume rh_G_occipital_middle_volume rh_G_occipital_sup_volume rh_G_oc-temp_lat-fusifor_volume rh_G_oc-temp_med-Lingual_volume rh_G_oc-temp_med-Parahip_volume rh_G_orbital_volume rh_G_pariet_inf-Angular_volume rh_G_pariet_inf-Supramar_volume rh_G_parietal_sup_volume rh_G_postcentral_volume rh_G_precentral_volume rh_G_precuneus_volume rh_G_rectus_volume rh_G_subcallosal_volume rh_G_temp_sup-G_T_transv_volume rh_G_temp_sup-Lateral_volume rh_G_temp_sup-Plan_polar_volume rh_G_temp_sup-Plan_tempo_volume rh_G_temporal_inf_volume rh_G_temporal_middle_volume rh_Lat_Fis-ant-Horizont_volume rh_Lat_Fis-ant-Vertical_volume rh_Lat_Fis-post_volume rh_Pole_occipital_volume rh_Pole_temporal_volume rh_S_calcarine_volume rh_S_central_volume rh_S_cingul-Marginalis_volume rh_S_circular_insula_ant_volume rh_S_circular_insula_inf_volume rh_S_circular_insula_sup_volume rh_S_collat_transv_ant_volume rh_S_collat_transv_post_volume rh_S_front_inf_volume rh_S_front_middle_volume rh_S_front_sup_volume rh_S_interm_prim-Jensen_volume rh_S_intrapariet&P_trans_volume rh_S_oc_middle&Lunatus_volume rh_S_oc_sup&transversal_volume rh_S_occipital_ant_volume rh_S_oc-temp_lat_volume rh_S_oc-temp_med&Lingual_volume rh_S_orbital_lateral_volume rh_S_orbital_med-olfact_volume rh_S_orbital-H_Shaped_volume rh_S_parieto_occipital_volume rh_S_pericallosal_volume rh_S_postcentral_volume rh_S_precentral-inf-part_volume rh_S_precentral-sup-part_volume rh_S_suborbital_volume rh_S_subparietal_volume rh_S_temporal_inf_volume rh_S_temporal_sup_volume rh_S_temporal_transverse_volume BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc.pial_lh_area.txt

+lh.aparc.pial.area lh_bankssts_area lh_caudalanteriorcingulate_area lh_caudalmiddlefrontal_area lh_cuneus_area lh_entorhinal_area lh_fusiform_area lh_inferiorparietal_area lh_inferiortemporal_area lh_isthmuscingulate_area lh_lateraloccipital_area lh_lateralorbitofrontal_area lh_lingual_area lh_medialorbitofrontal_area lh_middletemporal_area lh_parahippocampal_area lh_paracentral_area lh_parsopercularis_area lh_parsorbitalis_area lh_parstriangularis_area lh_pericalcarine_area lh_postcentral_area lh_posteriorcingulate_area lh_precentral_area lh_precuneus_area lh_rostralanteriorcingulate_area lh_rostralmiddlefrontal_area lh_superiorfrontal_area lh_superiorparietal_area lh_superiortemporal_area lh_supramarginal_area lh_frontalpole_area lh_temporalpole_area lh_transversetemporal_area lh_insula_area BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc.pial_rh_area.txt

+rh.aparc.pial.area rh_bankssts_area rh_caudalanteriorcingulate_area rh_caudalmiddlefrontal_area rh_cuneus_area rh_entorhinal_area rh_fusiform_area rh_inferiorparietal_area rh_inferiortemporal_area rh_isthmuscingulate_area rh_lateraloccipital_area rh_lateralorbitofrontal_area rh_lingual_area rh_medialorbitofrontal_area rh_middletemporal_area rh_parahippocampal_area rh_paracentral_area rh_parsopercularis_area rh_parsorbitalis_area rh_parstriangularis_area rh_pericalcarine_area rh_postcentral_area rh_posteriorcingulate_area rh_precentral_area rh_precuneus_area rh_rostralanteriorcingulate_area rh_rostralmiddlefrontal_area rh_superiorfrontal_area rh_superiorparietal_area rh_superiortemporal_area rh_supramarginal_area rh_frontalpole_area rh_temporalpole_area rh_transversetemporal_area rh_insula_area BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_lh_area.txt

+lh.aparc.area lh_bankssts_area lh_caudalanteriorcingulate_area lh_caudalmiddlefrontal_area lh_cuneus_area lh_entorhinal_area lh_fusiform_area lh_inferiorparietal_area lh_inferiortemporal_area lh_isthmuscingulate_area lh_lateraloccipital_area lh_lateralorbitofrontal_area lh_lingual_area lh_medialorbitofrontal_area lh_middletemporal_area lh_parahippocampal_area lh_paracentral_area lh_parsopercularis_area lh_parsorbitalis_area lh_parstriangularis_area lh_pericalcarine_area lh_postcentral_area lh_posteriorcingulate_area lh_precentral_area lh_precuneus_area lh_rostralanteriorcingulate_area lh_rostralmiddlefrontal_area lh_superiorfrontal_area lh_superiorparietal_area lh_superiortemporal_area lh_supramarginal_area lh_frontalpole_area lh_temporalpole_area lh_transversetemporal_area lh_insula_area lh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_lh_thickness.txt

+lh.aparc.thickness lh_bankssts_thickness lh_caudalanteriorcingulate_thickness lh_caudalmiddlefrontal_thickness lh_cuneus_thickness lh_entorhinal_thickness lh_fusiform_thickness lh_inferiorparietal_thickness lh_inferiortemporal_thickness lh_isthmuscingulate_thickness lh_lateraloccipital_thickness lh_lateralorbitofrontal_thickness lh_lingual_thickness lh_medialorbitofrontal_thickness lh_middletemporal_thickness lh_parahippocampal_thickness lh_paracentral_thickness lh_parsopercularis_thickness lh_parsorbitalis_thickness lh_parstriangularis_thickness lh_pericalcarine_thickness lh_postcentral_thickness lh_posteriorcingulate_thickness lh_precentral_thickness lh_precuneus_thickness lh_rostralanteriorcingulate_thickness lh_rostralmiddlefrontal_thickness lh_superiorfrontal_thickness lh_superiorparietal_thickness lh_superiortemporal_thickness lh_supramarginal_thickness lh_frontalpole_thickness lh_temporalpole_thickness lh_transversetemporal_thickness lh_insula_thickness lh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_lh_volume.txt

+lh.aparc.volume lh_bankssts_volume lh_caudalanteriorcingulate_volume lh_caudalmiddlefrontal_volume lh_cuneus_volume lh_entorhinal_volume lh_fusiform_volume lh_inferiorparietal_volume lh_inferiortemporal_volume lh_isthmuscingulate_volume lh_lateraloccipital_volume lh_lateralorbitofrontal_volume lh_lingual_volume lh_medialorbitofrontal_volume lh_middletemporal_volume lh_parahippocampal_volume lh_paracentral_volume lh_parsopercularis_volume lh_parsorbitalis_volume lh_parstriangularis_volume lh_pericalcarine_volume lh_postcentral_volume lh_posteriorcingulate_volume lh_precentral_volume lh_precuneus_volume lh_rostralanteriorcingulate_volume lh_rostralmiddlefrontal_volume lh_superiorfrontal_volume lh_superiorparietal_volume lh_superiortemporal_volume lh_supramarginal_volume lh_frontalpole_volume lh_temporalpole_volume lh_transversetemporal_volume lh_insula_volume BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_rh_area.txt

+rh.aparc.area rh_bankssts_area rh_caudalanteriorcingulate_area rh_caudalmiddlefrontal_area rh_cuneus_area rh_entorhinal_area rh_fusiform_area rh_inferiorparietal_area rh_inferiortemporal_area rh_isthmuscingulate_area rh_lateraloccipital_area rh_lateralorbitofrontal_area rh_lingual_area rh_medialorbitofrontal_area rh_middletemporal_area rh_parahippocampal_area rh_paracentral_area rh_parsopercularis_area rh_parsorbitalis_area rh_parstriangularis_area rh_pericalcarine_area rh_postcentral_area rh_posteriorcingulate_area rh_precentral_area rh_precuneus_area rh_rostralanteriorcingulate_area rh_rostralmiddlefrontal_area rh_superiorfrontal_area rh_superiorparietal_area rh_superiortemporal_area rh_supramarginal_area rh_frontalpole_area rh_temporalpole_area rh_transversetemporal_area rh_insula_area rh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_rh_thickness.txt

+rh.aparc.thickness rh_bankssts_thickness rh_caudalanteriorcingulate_thickness rh_caudalmiddlefrontal_thickness rh_cuneus_thickness rh_entorhinal_thickness rh_fusiform_thickness rh_inferiorparietal_thickness rh_inferiortemporal_thickness rh_isthmuscingulate_thickness rh_lateraloccipital_thickness rh_lateralorbitofrontal_thickness rh_lingual_thickness rh_medialorbitofrontal_thickness rh_middletemporal_thickness rh_parahippocampal_thickness rh_paracentral_thickness rh_parsopercularis_thickness rh_parsorbitalis_thickness rh_parstriangularis_thickness rh_pericalcarine_thickness rh_postcentral_thickness rh_posteriorcingulate_thickness rh_precentral_thickness rh_precuneus_thickness rh_rostralanteriorcingulate_thickness rh_rostralmiddlefrontal_thickness rh_superiorfrontal_thickness rh_superiorparietal_thickness rh_superiortemporal_thickness rh_supramarginal_thickness rh_frontalpole_thickness rh_temporalpole_thickness rh_transversetemporal_thickness rh_insula_thickness rh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aparc_rh_volume.txt

+rh.aparc.volume rh_bankssts_volume rh_caudalanteriorcingulate_volume rh_caudalmiddlefrontal_volume rh_cuneus_volume rh_entorhinal_volume rh_fusiform_volume rh_inferiorparietal_volume rh_inferiortemporal_volume rh_isthmuscingulate_volume rh_lateraloccipital_volume rh_lateralorbitofrontal_volume rh_lingual_volume rh_medialorbitofrontal_volume rh_middletemporal_volume rh_parahippocampal_volume rh_paracentral_volume rh_parsopercularis_volume rh_parsorbitalis_volume rh_parstriangularis_volume rh_pericalcarine_volume rh_postcentral_volume rh_posteriorcingulate_volume rh_precentral_volume rh_precuneus_volume rh_rostralanteriorcingulate_volume rh_rostralmiddlefrontal_volume rh_superiorfrontal_volume rh_superiorparietal_volume rh_superiortemporal_volume rh_supramarginal_volume rh_frontalpole_volume rh_temporalpole_volume rh_transversetemporal_volume rh_insula_volume BrainSegVolNotVent eTIV
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aseg_1.txt

+Measure:volume Left-Lateral-Ventricle Left-Inf-Lat-Vent Left-Cerebellum-White-Matter Left-Cerebellum-Cortex Left-Thalamus-Proper Left-Caudate Left-Putamen Left-Pallidum 3rd-Ventricle 4th-Ventricle Brain-Stem Left-Hippocampus Left-Amygdala CSF Left-Accumbens-area Left-VentralDC Left-vessel Left-choroid-plexus Right-Lateral-Ventricle Right-Inf-Lat-Vent Right-Cerebellum-White-Matter Right-Cerebellum-Cortex Right-Thalamus-Proper Right-Caudate Right-Putamen Right-Pallidum Right-Hippocampus Right-Amygdala Right-Accumbens-area Right-VentralDC Right-vessel Right-choroid-plexus 5th-Ventricle WM-hypointensities Left-WM-hypointensities Right-WM-hypointensities non-WM-hypointensities Left-non-WM-hypointensities Right-non-WM-hypointensities Optic-Chiasm CC_Posterior CC_Mid_Posterior CC_Central CC_Mid_Anterior CC_Anterior BrainSegVol BrainSegVolNotVent BrainSegVolNotVentSurf lhCortexVol rhCortexVol CortexVol lhCerebralWhiteMatterVol rhCerebralWhiteMatterVol CerebralWhiteMatterVol SubCortGrayVol TotalGrayVol SupraTentorialVol SupraTentorialVolNotVent SupraTentorialVolNotVentVox MaskVol BrainSegVol-to-eTIV MaskVol-to-eTIV lhSurfaceHoles rhSurfaceHoles SurfaceHoles EstimatedTotalIntraCranialVol
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/aseg_intensity.txt

+Measure:mean Left-Lateral-Ventricle Left-Inf-Lat-Vent Left-Cerebellum-White-Matter Left-Cerebellum-Cortex Left-Thalamus-Proper Left-Caudate Left-Putamen Left-Pallidum 3rd-Ventricle 4th-Ventricle Brain-Stem Left-Hippocampus Left-Amygdala CSF Left-Accumbens-area Left-VentralDC Left-vessel Left-choroid-plexus Right-Lateral-Ventricle Right-Inf-Lat-Vent Right-Cerebellum-White-Matter Right-Cerebellum-Cortex Right-Thalamus-Proper Right-Caudate Right-Putamen Right-Pallidum Right-Hippocampus Right-Amygdala Right-Accumbens-area Right-VentralDC Right-vessel Right-choroid-plexus 5th-Ventricle WM-hypointensities Left-WM-hypointensities Right-WM-hypointensities non-WM-hypointensities Left-non-WM-hypointensities Right-non-WM-hypointensities Optic-Chiasm CC_Posterior CC_Mid_Posterior CC_Central CC_Mid_Anterior CC_Anterior
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/wg_lh_mean.txt

+Measure:mean unknown bankssts caudalanteriorcingulate caudalmiddlefrontal cuneus entorhinal fusiform inferiorparietal inferiortemporal isthmuscingulate lateraloccipital lateralorbitofrontal lingual medialorbitofrontal middletemporal parahippocampal paracentral parsopercularis parsorbitalis parstriangularis pericalcarine postcentral posteriorcingulate precentral precuneus rostralanteriorcingulate rostralmiddlefrontal superiorfrontal superiorparietal superiortemporal supramarginal frontalpole temporalpole transversetemporal insula
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_data_ex/wg_rh_mean.txt

+Measure:mean unknown bankssts caudalanteriorcingulate caudalmiddlefrontal cuneus entorhinal fusiform inferiorparietal inferiortemporal isthmuscingulate lateraloccipital lateralorbitofrontal lingual medialorbitofrontal middletemporal parahippocampal paracentral parsopercularis parsorbitalis parstriangularis pericalcarine postcentral posteriorcingulate precentral precuneus rostralanteriorcingulate rostralmiddlefrontal superiorfrontal superiorparietal superiortemporal supramarginal frontalpole temporalpole transversetemporal insula
+NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN

bb_data/FS_files_to_exclude.txt

+FreeSurfer/mri/orig/**\*
+FreeSurfer/touch/**\*
+FreeSurfer/tmp/**\*
+FreeSurfer/trash/**\*
+FreeSurfer/data/**\*
+FreeSurfer/stats/hipposubfields.rh.T2.v21.AN.stats
+FreeSurfer/stats/hipposubfields.lh.T2.v21.AN.stats
+FreeSurfer/stats/amygdalar-nuclei.lh.T2.v21.AN.stats
+FreeSurfer/stats/amygdalar-nuclei.rh.T2.v21.AN.stats
+FreeSurfer/stats/hipposubfields.rh.T1.v21.stats
+FreeSurfer/stats/hipposubfields.lh.T1.v21.stats
+FreeSurfer/stats/amygdalar-nuclei.lh.T1.v21.stats
+FreeSurfer/stats/amygdalar-nuclei.rh.T1.v21.stats
+FreeSurfer/stats/thalamic-nuclei.lh.v10.T1.stats
+FreeSurfer/stats/thalamic-nuclei.rh.v10.T1.stats
+FreeSurfer/stats/brainstem.v12.stats
+FreeSurfer/label/BA_exvivo.thresh.ctab 
+FreeSurfer/mri/rawavg.mgz 
+FreeSurfer/mri/transforms/talairach.auto.xfm 
+FreeSurfer/mri/brainmask.auto.mgz 
+FreeSurfer/mri/transforms/FLAIRraw.auto.lta

bb_data/FS_initial_files.txt

+BA_exvivo_lh_area 18
+BA_exvivo_lh_thickness 17
+BA_exvivo_lh_volume 17
+BA_exvivo_rh_area 18
+BA_exvivo_rh_thickness 17
+BA_exvivo_rh_volume 17
+aparc.DKTatlas_lh_area 35
+aparc.DKTatlas_lh_thickness 35
+aparc.DKTatlas_lh_volume 34
+aparc.DKTatlas_rh_area 35
+aparc.DKTatlas_rh_thickness 35
+aparc.DKTatlas_rh_volume 34
+aparc.a2009s_lh_area 78
+aparc.a2009s_lh_thickness 78
+aparc.a2009s_lh_volume 77
+aparc.a2009s_rh_area 78
+aparc.a2009s_rh_thickness 78
+aparc.a2009s_rh_volume 77
+aparc.pial_lh_area 37
+aparc.pial_rh_area 37
+aparc_lh_area 38
+aparc_lh_thickness 38
+aparc_lh_volume 37
+aparc_rh_area 38
+aparc_rh_thickness 38
+aparc_rh_volume 37
+aseg_1 67
+aseg_intensity 46
+wg_lh_mean 36
+wg_rh_mean 36