Commit 658873bc authored by Fidel Alfaro Almagro's avatar Fidel Alfaro Almagro
Browse files

Adding FreeSurfer functionality

parent c51d37ab
#!/usr/bin/bash
#set -x
mkdir -p zips
mkdir -p logs_FS_zips
for elem in `cat subj.txt ` ; do
if [ -d $elem/FreeSurfer ] ; then
if [ ! -d $elem/FreeSurfer/unusable ] ; then
visit=`echo $elem | awk -F "" '{print $1}'`;
newName=`echo $elem | awk -F "" '{print $2$3$4$5$6$7$8}'`;
echo "cd $elem ; \
zip -r ../zips/${newName}_20263_${visit}_0.zip FreeSurfer -x `column_to_row $BB_BIN_DIR/bb_data/FS_files_to_exclude.txt` ; \
md5sum ../zips/${newName}_20263_${visit}_0.zip > ../zips/${newName}_20263_${visit}_0.md5 ; \
cd .. ";
fi
fi
done > jobs_zips.txt
#fsl_sub -l logs_FS_zips -t jobs_zips.txt
This diff is collapsed.
#!/bin/bash
. $BB_BIN_DIR/bb_pipeline_tools/bb_set_header
if [ ! -f $1/T1/T1_unbiased.nii.gz ] ; then
echo "There is no T1/T1_unbiased.nii.gz -- FreeSurfer cannot run"
exit -1
else
if [ "$2" == "" ] ; then
export SUBJECTS_DIR=`pwd`/$1/
else
export SUBJECTS_DIR=$2
fi
optFLAIR=""
if [ -f $1/T2_FLAIR/T2_FLAIR_unbiased.nii.gz ] ; then
optFLAIR=" -FLAIR $1/T2_FLAIR/T2_FLAIR_unbiased.nii.gz -FLAIRpial"
fi
recon-all -all -s FS_$1 -i $1/T1/T1_unbiased.nii.gz $optFLAIR
fi
. $BB_BIN_DIR/bb_pipeline_tools/bb_set_footer
set +x
#!/bin/bash
. $BB_BIN_DIR/bb_pipeline_tools/bb_set_header
export PATH="$FREESURFER_HOME/bin:$PATH"
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
if [ "$2" == "" ] ; then
export SUBJECTS_DIR=`pwd`/$1/
else
export SUBJECTS_DIR=$2
fi
segmentThalamicNuclei.sh FS_$1
segmentBS.sh FS_$1
if [ -f $1/FS_$1/mri/FLAIR.mgz ] ; then
segmentHA_T2.sh FS_$1 $1/FS_$1/mri/FLAIR.mgz AN 1
else
segmentHA_T1.sh FS_$1
fi
. $BB_BIN_DIR/bb_pipeline_tools/bb_set_footer
set +x
#!/bin/env python
'''
Authors: Fidel Alfaro Almagro
FMRIB, Oxford University
06-Apr-2019 18:03:23
Version $1.0
ProjectDir =
'''
import os,sys,argparse
import bb_pipeline_tools.bb_logging_tool as LT
import bb_pipeline_tools.bb_file_manager as FM
class MyParser(argparse.ArgumentParser):
def error(self, message):
sys.stderr.write('error: %s\n' % message)
self.print_help()
sys.exit(2)
class Usage(Exception):
def __init__(self, msg):
self.msg = msg
def bb_pipeline_FS(subject, jobHold, fileConfiguration):
logger = LT.initLogging(__file__, subject)
logDir = logger.logDir
baseDir = logDir[0:logDir.rfind('/logs/')]
if (not 'T1' in fileConfiguration) or (fileConfiguration['T1'] == ''):
logger.error('There is no T1. FreeSurfer for subject ' + subject + ' cannot be run.')
LT.finishLogging(logger)
return -1
else:
jobFS01 = LT.runCommand(logger, 'fsl_sub -q long.qc -N "bb_FS_run_' + subject + '" -l ' + logDir + ' -j ' + jobHold + ' $BB_BIN_DIR/bb_FS_pipeline/bb_FS_run.sh ' + subject)
jobFS02 = LT.runCommand(logger, 'fsl_sub -q short.qc -N "bb_FS_segm_' + subject + '" -l ' + logDir + ' -j ' + jobFS01 + ' $BB_BIN_DIR/bb_FS_pipeline/bb_FS_segm.sh ' + subject )
jobFS03 = LT.runCommand(logger, 'fsl_sub -q short.qc -N "bb_FS_IDPs_' + subject + '" -l ' + logDir + ' -j ' + jobFS02 + ' $BB_BIN_DIR/bb_FS_pipeline/bb_FS_get_IDPs.py ' + subject )
LT.finishLogging(logger)
return jobFS03
def main():
parser = MyParser(description='BioBank FreeSurfer Tool')
parser.add_argument("subjectFolder", help='Subject Folder')
argsa = parser.parse_args()
subject = argsa.subjectFolder
subject = subject.strip()
if subject[-1] =='/':
subject = subject[0:len(subject)-1]
fileConfig = FM.bb_file_manager(subject)
jobSTEP1 = bb_pipeline_FS(subject, '-1', fileConfig)
print(jobSTEP1)
if __name__ == "__main__":
main()
lh.BA_exvivo.area lh_BA1_exvivo_area lh_BA2_exvivo_area lh_BA3a_exvivo_area lh_BA3b_exvivo_area lh_BA4a_exvivo_area lh_BA4p_exvivo_area lh_BA6_exvivo_area lh_BA44_exvivo_area lh_BA45_exvivo_area lh_V1_exvivo_area lh_V2_exvivo_area lh_MT_exvivo_area lh_perirhinal_exvivo_area lh_entorhinal_exvivo_area lh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.BA_exvivo.thickness lh_BA1_exvivo_thickness lh_BA2_exvivo_thickness lh_BA3a_exvivo_thickness lh_BA3b_exvivo_thickness lh_BA4a_exvivo_thickness lh_BA4p_exvivo_thickness lh_BA6_exvivo_thickness lh_BA44_exvivo_thickness lh_BA45_exvivo_thickness lh_V1_exvivo_thickness lh_V2_exvivo_thickness lh_MT_exvivo_thickness lh_perirhinal_exvivo_thickness lh_entorhinal_exvivo_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.BA_exvivo.volume lh_BA1_exvivo_volume lh_BA2_exvivo_volume lh_BA3a_exvivo_volume lh_BA3b_exvivo_volume lh_BA4a_exvivo_volume lh_BA4p_exvivo_volume lh_BA6_exvivo_volume lh_BA44_exvivo_volume lh_BA45_exvivo_volume lh_V1_exvivo_volume lh_V2_exvivo_volume lh_MT_exvivo_volume lh_perirhinal_exvivo_volume lh_entorhinal_exvivo_volume BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.BA_exvivo.area rh_BA1_exvivo_area rh_BA2_exvivo_area rh_BA3a_exvivo_area rh_BA3b_exvivo_area rh_BA4a_exvivo_area rh_BA4p_exvivo_area rh_BA6_exvivo_area rh_BA44_exvivo_area rh_BA45_exvivo_area rh_V1_exvivo_area rh_V2_exvivo_area rh_MT_exvivo_area rh_perirhinal_exvivo_area rh_entorhinal_exvivo_area rh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.BA_exvivo.thickness rh_BA1_exvivo_thickness rh_BA2_exvivo_thickness rh_BA3a_exvivo_thickness rh_BA3b_exvivo_thickness rh_BA4a_exvivo_thickness rh_BA4p_exvivo_thickness rh_BA6_exvivo_thickness rh_BA44_exvivo_thickness rh_BA45_exvivo_thickness rh_V1_exvivo_thickness rh_V2_exvivo_thickness rh_MT_exvivo_thickness rh_perirhinal_exvivo_thickness rh_entorhinal_exvivo_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.BA_exvivo.volume rh_BA1_exvivo_volume rh_BA2_exvivo_volume rh_BA3a_exvivo_volume rh_BA3b_exvivo_volume rh_BA4a_exvivo_volume rh_BA4p_exvivo_volume rh_BA6_exvivo_volume rh_BA44_exvivo_volume rh_BA45_exvivo_volume rh_V1_exvivo_volume rh_V2_exvivo_volume rh_MT_exvivo_volume rh_perirhinal_exvivo_volume rh_entorhinal_exvivo_volume BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.aparc.DKTatlas.area lh_caudalanteriorcingulate_area lh_caudalmiddlefrontal_area lh_cuneus_area lh_entorhinal_area lh_fusiform_area lh_inferiorparietal_area lh_inferiortemporal_area lh_isthmuscingulate_area lh_lateraloccipital_area lh_lateralorbitofrontal_area lh_lingual_area lh_medialorbitofrontal_area lh_middletemporal_area lh_parahippocampal_area lh_paracentral_area lh_parsopercularis_area lh_parsorbitalis_area lh_parstriangularis_area lh_pericalcarine_area lh_postcentral_area lh_posteriorcingulate_area lh_precentral_area lh_precuneus_area lh_rostralanteriorcingulate_area lh_rostralmiddlefrontal_area lh_superiorfrontal_area lh_superiorparietal_area lh_superiortemporal_area lh_supramarginal_area lh_transversetemporal_area lh_insula_area lh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.aparc.DKTatlas.thickness lh_caudalanteriorcingulate_thickness lh_caudalmiddlefrontal_thickness lh_cuneus_thickness lh_entorhinal_thickness lh_fusiform_thickness lh_inferiorparietal_thickness lh_inferiortemporal_thickness lh_isthmuscingulate_thickness lh_lateraloccipital_thickness lh_lateralorbitofrontal_thickness lh_lingual_thickness lh_medialorbitofrontal_thickness lh_middletemporal_thickness lh_parahippocampal_thickness lh_paracentral_thickness lh_parsopercularis_thickness lh_parsorbitalis_thickness lh_parstriangularis_thickness lh_pericalcarine_thickness lh_postcentral_thickness lh_posteriorcingulate_thickness lh_precentral_thickness lh_precuneus_thickness lh_rostralanteriorcingulate_thickness lh_rostralmiddlefrontal_thickness lh_superiorfrontal_thickness lh_superiorparietal_thickness lh_superiortemporal_thickness lh_supramarginal_thickness lh_transversetemporal_thickness lh_insula_thickness lh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.aparc.DKTatlas.volume lh_caudalanteriorcingulate_volume lh_caudalmiddlefrontal_volume lh_cuneus_volume lh_entorhinal_volume lh_fusiform_volume lh_inferiorparietal_volume lh_inferiortemporal_volume lh_isthmuscingulate_volume lh_lateraloccipital_volume lh_lateralorbitofrontal_volume lh_lingual_volume lh_medialorbitofrontal_volume lh_middletemporal_volume lh_parahippocampal_volume lh_paracentral_volume lh_parsopercularis_volume lh_parsorbitalis_volume lh_parstriangularis_volume lh_pericalcarine_volume lh_postcentral_volume lh_posteriorcingulate_volume lh_precentral_volume lh_precuneus_volume lh_rostralanteriorcingulate_volume lh_rostralmiddlefrontal_volume lh_superiorfrontal_volume lh_superiorparietal_volume lh_superiortemporal_volume lh_supramarginal_volume lh_transversetemporal_volume lh_insula_volume BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.aparc.DKTatlas.area rh_caudalanteriorcingulate_area rh_caudalmiddlefrontal_area rh_cuneus_area rh_entorhinal_area rh_fusiform_area rh_inferiorparietal_area rh_inferiortemporal_area rh_isthmuscingulate_area rh_lateraloccipital_area rh_lateralorbitofrontal_area rh_lingual_area rh_medialorbitofrontal_area rh_middletemporal_area rh_parahippocampal_area rh_paracentral_area rh_parsopercularis_area rh_parsorbitalis_area rh_parstriangularis_area rh_pericalcarine_area rh_postcentral_area rh_posteriorcingulate_area rh_precentral_area rh_precuneus_area rh_rostralanteriorcingulate_area rh_rostralmiddlefrontal_area rh_superiorfrontal_area rh_superiorparietal_area rh_superiortemporal_area rh_supramarginal_area rh_transversetemporal_area rh_insula_area rh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.aparc.DKTatlas.thickness rh_caudalanteriorcingulate_thickness rh_caudalmiddlefrontal_thickness rh_cuneus_thickness rh_entorhinal_thickness rh_fusiform_thickness rh_inferiorparietal_thickness rh_inferiortemporal_thickness rh_isthmuscingulate_thickness rh_lateraloccipital_thickness rh_lateralorbitofrontal_thickness rh_lingual_thickness rh_medialorbitofrontal_thickness rh_middletemporal_thickness rh_parahippocampal_thickness rh_paracentral_thickness rh_parsopercularis_thickness rh_parsorbitalis_thickness rh_parstriangularis_thickness rh_pericalcarine_thickness rh_postcentral_thickness rh_posteriorcingulate_thickness rh_precentral_thickness rh_precuneus_thickness rh_rostralanteriorcingulate_thickness rh_rostralmiddlefrontal_thickness rh_superiorfrontal_thickness rh_superiorparietal_thickness rh_superiortemporal_thickness rh_supramarginal_thickness rh_transversetemporal_thickness rh_insula_thickness rh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
rh.aparc.DKTatlas.volume rh_caudalanteriorcingulate_volume rh_caudalmiddlefrontal_volume rh_cuneus_volume rh_entorhinal_volume rh_fusiform_volume rh_inferiorparietal_volume rh_inferiortemporal_volume rh_isthmuscingulate_volume rh_lateraloccipital_volume rh_lateralorbitofrontal_volume rh_lingual_volume rh_medialorbitofrontal_volume rh_middletemporal_volume rh_parahippocampal_volume rh_paracentral_volume rh_parsopercularis_volume rh_parsorbitalis_volume rh_parstriangularis_volume rh_pericalcarine_volume rh_postcentral_volume rh_posteriorcingulate_volume rh_precentral_volume rh_precuneus_volume rh_rostralanteriorcingulate_volume rh_rostralmiddlefrontal_volume rh_superiorfrontal_volume rh_superiorparietal_volume rh_superiortemporal_volume rh_supramarginal_volume rh_transversetemporal_volume rh_insula_volume BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.aparc.a2009s.area lh_G&S_frontomargin_area lh_G&S_occipital_inf_area lh_G&S_paracentral_area lh_G&S_subcentral_area lh_G&S_transv_frontopol_area lh_G&S_cingul-Ant_area lh_G&S_cingul-Mid-Ant_area lh_G&S_cingul-Mid-Post_area lh_G_cingul-Post-dorsal_area lh_G_cingul-Post-ventral_area lh_G_cuneus_area lh_G_front_inf-Opercular_area lh_G_front_inf-Orbital_area lh_G_front_inf-Triangul_area lh_G_front_middle_area lh_G_front_sup_area lh_G_Ins_lg&S_cent_ins_area lh_G_insular_short_area lh_G_occipital_middle_area lh_G_occipital_sup_area lh_G_oc-temp_lat-fusifor_area lh_G_oc-temp_med-Lingual_area lh_G_oc-temp_med-Parahip_area lh_G_orbital_area lh_G_pariet_inf-Angular_area lh_G_pariet_inf-Supramar_area lh_G_parietal_sup_area lh_G_postcentral_area lh_G_precentral_area lh_G_precuneus_area lh_G_rectus_area lh_G_subcallosal_area lh_G_temp_sup-G_T_transv_area lh_G_temp_sup-Lateral_area lh_G_temp_sup-Plan_polar_area lh_G_temp_sup-Plan_tempo_area lh_G_temporal_inf_area lh_G_temporal_middle_area lh_Lat_Fis-ant-Horizont_area lh_Lat_Fis-ant-Vertical_area lh_Lat_Fis-post_area lh_Pole_occipital_area lh_Pole_temporal_area lh_S_calcarine_area lh_S_central_area lh_S_cingul-Marginalis_area lh_S_circular_insula_ant_area lh_S_circular_insula_inf_area lh_S_circular_insula_sup_area lh_S_collat_transv_ant_area lh_S_collat_transv_post_area lh_S_front_inf_area lh_S_front_middle_area lh_S_front_sup_area lh_S_interm_prim-Jensen_area lh_S_intrapariet&P_trans_area lh_S_oc_middle&Lunatus_area lh_S_oc_sup&transversal_area lh_S_occipital_ant_area lh_S_oc-temp_lat_area lh_S_oc-temp_med&Lingual_area lh_S_orbital_lateral_area lh_S_orbital_med-olfact_area lh_S_orbital-H_Shaped_area lh_S_parieto_occipital_area lh_S_pericallosal_area lh_S_postcentral_area lh_S_precentral-inf-part_area lh_S_precentral-sup-part_area lh_S_suborbital_area lh_S_subparietal_area lh_S_temporal_inf_area lh_S_temporal_sup_area lh_S_temporal_transverse_area lh_WhiteSurfArea_area BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
lh.aparc.a2009s.thickness lh_G&S_frontomargin_thickness lh_G&S_occipital_inf_thickness lh_G&S_paracentral_thickness lh_G&S_subcentral_thickness lh_G&S_transv_frontopol_thickness lh_G&S_cingul-Ant_thickness lh_G&S_cingul-Mid-Ant_thickness lh_G&S_cingul-Mid-Post_thickness lh_G_cingul-Post-dorsal_thickness lh_G_cingul-Post-ventral_thickness lh_G_cuneus_thickness lh_G_front_inf-Opercular_thickness lh_G_front_inf-Orbital_thickness lh_G_front_inf-Triangul_thickness lh_G_front_middle_thickness lh_G_front_sup_thickness lh_G_Ins_lg&S_cent_ins_thickness lh_G_insular_short_thickness lh_G_occipital_middle_thickness lh_G_occipital_sup_thickness lh_G_oc-temp_lat-fusifor_thickness lh_G_oc-temp_med-Lingual_thickness lh_G_oc-temp_med-Parahip_thickness lh_G_orbital_thickness lh_G_pariet_inf-Angular_thickness lh_G_pariet_inf-Supramar_thickness lh_G_parietal_sup_thickness lh_G_postcentral_thickness lh_G_precentral_thickness lh_G_precuneus_thickness lh_G_rectus_thickness lh_G_subcallosal_thickness lh_G_temp_sup-G_T_transv_thickness lh_G_temp_sup-Lateral_thickness lh_G_temp_sup-Plan_polar_thickness lh_G_temp_sup-Plan_tempo_thickness lh_G_temporal_inf_thickness lh_G_temporal_middle_thickness lh_Lat_Fis-ant-Horizont_thickness lh_Lat_Fis-ant-Vertical_thickness lh_Lat_Fis-post_thickness lh_Pole_occipital_thickness lh_Pole_temporal_thickness lh_S_calcarine_thickness lh_S_central_thickness lh_S_cingul-Marginalis_thickness lh_S_circular_insula_ant_thickness lh_S_circular_insula_inf_thickness lh_S_circular_insula_sup_thickness lh_S_collat_transv_ant_thickness lh_S_collat_transv_post_thickness lh_S_front_inf_thickness lh_S_front_middle_thickness lh_S_front_sup_thickness lh_S_interm_prim-Jensen_thickness lh_S_intrapariet&P_trans_thickness lh_S_oc_middle&Lunatus_thickness lh_S_oc_sup&transversal_thickness lh_S_occipital_ant_thickness lh_S_oc-temp_lat_thickness lh_S_oc-temp_med&Lingual_thickness lh_S_orbital_lateral_thickness lh_S_orbital_med-olfact_thickness lh_S_orbital-H_Shaped_thickness lh_S_parieto_occipital_thickness lh_S_pericallosal_thickness lh_S_postcentral_thickness lh_S_precentral-inf-part_thickness lh_S_precentral-sup-part_thickness lh_S_suborbital_thickness lh_S_subparietal_thickness lh_S_temporal_inf_thickness lh_S_temporal_sup_thickness lh_S_temporal_transverse_thickness lh_MeanThickness_thickness BrainSegVolNotVent eTIV
NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN NaN
Supports Markdown
0% or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment