diff --git a/bedpostx_single_slice.sh b/bedpostx_single_slice.sh index cf83870c7d2c01cf81d6c450b92b0598b4b1f53d..d844b44cbf9a3794c92bbd2d19692064272797fc 100755 --- a/bedpostx_single_slice.sh +++ b/bedpostx_single_slice.sh @@ -6,7 +6,8 @@ fudge=$3 bi=$4 njumps=$5 sampleevery=$6 -slice=$7 +model=$7 +slice=$8 slicezp=`${FSLDIR}/bin/zeropad $slice 4` @@ -15,5 +16,5 @@ ${FSLDIR}/bin/xfibres\ --mask=$subjdir/nodif_brain_mask_slice_$slicezp\ -b $subjdir/bvals -r $subjdir/bvecs\ --forcedir --logdir=$subjdir.bedpostX/diff_slices/data_slice_$slicezp\ - --fudge=$fudge --nj=$njumps --bi=$bi --se=$sampleevery --upe=24 --nfibres=$nfibres > $subjdir.bedpostX/logs/log$slicezp && echo Done + --fudge=$fudge --nj=$njumps --bi=$bi --model=$model --nonlinear --se=$sampleevery --upe=24 --nfibres=$nfibres > $subjdir.bedpostX/logs/log$slicezp && echo Done