diff --git a/fsl/wrappers/fsl_anat.py b/fsl/wrappers/fsl_anat.py index b1c2494d496180d2c95a6728d70e9257e1b1d291..a1ea260c137049a0dd26b1a84dbbd3184dc1e78c 100644 --- a/fsl/wrappers/fsl_anat.py +++ b/fsl/wrappers/fsl_anat.py @@ -24,6 +24,7 @@ def fsl_anat(img, out='fsl_anat', **kwargs): asrt.assertIsNifti(img) valmap = { + 'strongbias' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'weakbias' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'noreorient' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'nocrop' : wutils.SHOW_IF_TRUE, @@ -33,16 +34,18 @@ def fsl_anat(img, out='fsl_anat', **kwargs): 'noseg' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'nosubcortseg' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'nosearch' : wutils.SHOW_IF_TRUE, - 'betfparam' : wutils.SHOW_IF_TRUE, 'nocleanup' : wutils.SHOW_IF_TRUE, } argmap = { - 'bias_smoothing' : 's', - 'img_type' : 't', } - cmd = ['fsl_anat', '-i', img, '-o', out] + img_type = kwargs.pop("img_type", "T1") + cmd = ['fsl_anat', '-i', img, '-o', out, '-t', img_type] + smoothing = kwargs.pop("bias_smoothing", None) + if smoothing is not None: + cmd += ['-s', str(smoothing)] + cmd += wutils.applyArgStyle('--=', valmap=valmap, argmap=argmap, singlechar_args=True, **kwargs) return cmd