From 84f094c1c30ba2eb32c199988034d29ba763a879 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Matthew Webster <mwebster@jalapeno.fmrib.ox.ac.uk>
Date: Thu, 16 Jul 2020 14:18:12 +0100
Subject: [PATCH] Accumulate all submitted job IDs
---
EddyS2VTest/feedsRun | 2 +-
1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-)
diff --git a/EddyS2VTest/feedsRun b/EddyS2VTest/feedsRun
index e169ca1..2f3e2d5 100755
--- a/EddyS2VTest/feedsRun
+++ b/EddyS2VTest/feedsRun
@@ -56,7 +56,7 @@ for cuda_exe in ${exedir}/eddy_cuda*;
do
tmp=`basename $cuda_exe`
version=`echo $tmp | sed 's/eddy_cuda//'`
- cuda_jid=`fsl_sub -l ${odir} -q cuda.q ${cuda_exe} --imain=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testData --mask=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testMask --bvals=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvals --bvecs=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvecs --index=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testIndex --acqp=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testAcqparams --repol --ol_type=slice --ol_nstd=6 --ol_nvox=500 --niter=8 --fwhm=10,6,4,2,0,0,0,0 --out=${odir}/eddyCudaOutput${version} --nvoxhp=5000 --mporder=16 --s2v_niter=10 --s2v_interp=trilinear --s2v_lambda=1 --slspec=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testSlspec --very_verbose`
+ cuda_jid="$cuda_jid `fsl_sub -l ${odir} -q cuda.q ${cuda_exe} --imain=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testData --mask=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testMask --bvals=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvals --bvecs=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvecs --index=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testIndex --acqp=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testAcqparams --repol --ol_type=slice --ol_nstd=6 --ol_nvox=500 --niter=8 --fwhm=10,6,4,2,0,0,0,0 --out=${odir}/eddyCudaOutput${version} --nvoxhp=5000 --mporder=16 --s2v_niter=10 --s2v_interp=trilinear --s2v_lambda=1 --slspec=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testSlspec --very_verbose`"
done
# omp_jid=`fsl_sub -q long.q -s openmp,6 ${exedir}/eddy_openmp --imain=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testData --mask=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testMask --bvals=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvals --bvecs=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testBvecs --index=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testIndex --acqp=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testAcqparams --repol --ol_type=slice --ol_nstd=6 --niter=8 --fwhm=10,6,4,2,0,0,0,0 --out=${odir}/eddyOmpOutput --nvoxhp=5000 --mporder=16 --s2v_niter=10 --s2v_interp=trilinear --s2v_lambda=1 --slspec=${indir}/EddyS2VTestData/eddyData/testSlspec --very_verbose`
--
GitLab