From d0613d89f846576d0b6524274b1fdbddb9ec83a0 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Paul McCarthy <paulmc@fmrib.ox.ac.uk>
Date: Mon, 23 Sep 2019 16:04:12 +0100
Subject: [PATCH] Fix pnm/feedsRun
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fsl_course/pnm/feedsRun | 4 ++--
1 file changed, 2 insertions(+), 2 deletions(-)
diff --git a/fsl_course/pnm/feedsRun b/fsl_course/pnm/feedsRun
index 3d4eaff..60d94b0 100755
--- a/fsl_course/pnm/feedsRun
+++ b/fsl_course/pnm/feedsRun
@@ -1,7 +1,7 @@
#!/bin/bash -e
-iDir=$1
-oDir=$2
+oDir=$1
+iDir=$2/fsl_course_data/fmri3/motion/
pnm_evs -i ${iDir}/naughty.nii.gz -c ${iDir}/pnm/prebaked/naughty_card.txt -r ${iDir}/pnm/prebaked/naughty_resp.txt -o ${oDir}/naughty --tr=0.933 --oc=4 --or=4 --multc=2 --multr=2 --rvt=${iDir}/pnm/prebaked/naughty_rvt.txt --rvtsmooth=10 --slicetiming=${iDir}/pnm/slice_timings.txt
pnm_evs -i ${iDir}/nice.nii.gz -c ${iDir}/pnm/prebaked/nice_card.txt -r ${iDir}/pnm/prebaked/nice_resp.txt -o ${oDir}/nice --tr=0.933 --oc=4 --or=4 --multc=2 --multr=2 --rvt=${iDir}/pnm/prebaked/nice_rvt.txt --rvtsmooth=10 --slicetiming=${iDir}/pnm/slice_timings.txt
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