diff --git a/fsl_course/pnm/feedsRun b/fsl_course/pnm/feedsRun index 3d4eaff0f7c21e79f9312f7d4a485a35728bea8f..60d94b0878bedc2908f8a9cf6e1ebcd7c4e1ea0b 100755 --- a/fsl_course/pnm/feedsRun +++ b/fsl_course/pnm/feedsRun @@ -1,7 +1,7 @@ #!/bin/bash -e -iDir=$1 -oDir=$2 +oDir=$1 +iDir=$2/fsl_course_data/fmri3/motion/ pnm_evs -i ${iDir}/naughty.nii.gz -c ${iDir}/pnm/prebaked/naughty_card.txt -r ${iDir}/pnm/prebaked/naughty_resp.txt -o ${oDir}/naughty --tr=0.933 --oc=4 --or=4 --multc=2 --multr=2 --rvt=${iDir}/pnm/prebaked/naughty_rvt.txt --rvtsmooth=10 --slicetiming=${iDir}/pnm/slice_timings.txt pnm_evs -i ${iDir}/nice.nii.gz -c ${iDir}/pnm/prebaked/nice_card.txt -r ${iDir}/pnm/prebaked/nice_resp.txt -o ${oDir}/nice --tr=0.933 --oc=4 --or=4 --multc=2 --multr=2 --rvt=${iDir}/pnm/prebaked/nice_rvt.txt --rvtsmooth=10 --slicetiming=${iDir}/pnm/slice_timings.txt