Fix bug, add tests.

fsl_mrs/scripts/fsl_mrs

@@ -397,7 +397,7 @@ def main():
 def str_or_int_arg(x):
     try:
         return int(x)
-    except TypeError:
+    except ValueError:
         return x
 
 

fsl_mrs/tests/test_scripts_fsl_mrs.py

@@ -8,7 +8,8 @@ import os.path as op
 testsPath = op.dirname(__file__)
 data = {'metab': op.join(testsPath, 'testdata/fsl_mrs/metab.nii'),
         'water': op.join(testsPath, 'testdata/fsl_mrs/water.nii'),
-        'basis': op.join(testsPath, 'testdata/fsl_mrs/steam_basis')}
+        'basis': op.join(testsPath, 'testdata/fsl_mrs/steam_basis'),
+        'seg': op.join(testsPath, 'testdata/fsl_mrs/segmentation.json')}
 
 
 def test_fsl_mrs(tmp_path):
@@ -19,8 +20,20 @@ def test_fsl_mrs(tmp_path):
                            '--output', tmp_path,
                            '--h2o', data['water'],
                            '--TE', '11',
+                           '--metab_groups', 'Mac',
                            '--tissue_frac', '0.45', '0.45', '0.1',
                            '--overwrite',
+                           '--combine', 'Cr', 'PCr'])
+
+    subprocess.check_call(['fsl_mrs',
+                           '--data', data['metab'],
+                           '--basis', data['basis'],
+                           '--output', tmp_path,
+                           '--h2o', data['water'],
+                           '--TE', '11',
+                           '--metab_groups', 'Mac',
+                           '--tissue_frac', data['seg'],
+                           '--overwrite',
                            '--combine', 'Cr', 'PCr',
                            '--report'])