Modifications to standard_space for consistency

fsl/wrappers/__init__.py

@@ -97,39 +97,40 @@ decorators.
 """
 
 
-from fsl.wrappers.wrapperutils import (LOAD,)
-from fsl.wrappers.bet          import (bet,
+from fsl.wrappers.wrapperutils       import (LOAD,)
+from fsl.wrappers.bet                import (bet,
                                        robustfov)
-from fsl.wrappers.eddy         import (eddy,
+from fsl.wrappers.eddy               import (eddy,
                                        eddy_cuda,
                                        topup,
                                        applytopup)
-from fsl.wrappers.fast         import (fast,)
-from fsl.wrappers.fsl_anat     import (fsl_anat,)
-from fsl.wrappers.fsl_sub      import (fsl_sub,)
-from fsl.wrappers.flirt        import (flirt,
+from fsl.wrappers.fast               import (fast,)
+from fsl.wrappers.fsl_anat           import (fsl_anat,)
+from fsl.wrappers.fsl_sub            import (fsl_sub,)
+from fsl.wrappers.flirt              import (flirt,
                                        invxfm,
                                        applyxfm,
                                        applyxfm4D,
                                        concatxfm,
                                        mcflirt)
-from fsl.wrappers.fnirt        import (fnirt,
+from fsl.wrappers.fnirt              import (fnirt,
                                        applywarp,
                                        invwarp,
                                        convertwarp)
-from fsl.wrappers.fslmaths     import (fslmaths,)
-from fsl.wrappers.fslstats     import (fslstats,)
-from fsl.wrappers.fugue        import (fugue,
+from fsl.wrappers.fslmaths           import (fslmaths,)
+from fsl.wrappers.fslstats           import (fslstats,)
+from fsl.wrappers.fugue              import (fugue,
                                        prelude,
                                        sigloss,
                                        fsl_prepare_fieldmap)
-from fsl.wrappers.melodic      import (melodic,
+from fsl.wrappers.melodic            import (melodic,
                                        fsl_regfilt)
-from fsl.wrappers.misc         import (fslreorient2std,
+from fsl.wrappers.misc               import (fslreorient2std,
                                        fslorient,
                                        fslroi,
                                        slicer,
                                        cluster,
                                        gps)
-from fsl.wrappers.epi_reg      import  epi_reg
-from fsl.wrappers              import  tbss
+from fsl.wrappers.epi_reg            import  epi_reg
+from fsl.wrappers                    import  tbss
+from fsl.wrappers.standard_space_roi import standard_space_roi

fsl/wrappers/standard_space_roi.py

@@ -11,7 +11,7 @@ the FSL `standard_space_roi`_ command.
 import fsl.utils.assertions as asrt
 from . import wrapperutils  as wutils
 
-@wutils.fileOrImage('input', 'maskMASK', 'roiMASK', 'ssref', 'altinput',outprefix='output')
+@wutils.fileOrImage('input', 'output', 'maskMASK', 'roiMASK', 'ssref', 'altinput')
 @wutils.fslwrapper
 def standard_space_roi(input, output, **kwargs):
     """Wrapper for the ``standard_space_roi`` command.
@@ -33,17 +33,30 @@ def standard_space_roi(input, output, **kwargs):
     """
     asrt.assertIsNifti(input)
 
+    argmap = {
+        'twod' : '2D'
+    }
+
     valmap = {
-        'maskFOV' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
-        'maskNONE' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
-        'roiFOV' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
-        'roiNONE' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
-        'd' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
-        'b' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'maskFOV'      : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'maskNONE'     : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'roiFOV'       : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'roiNONE'      : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'd'            : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'b'            : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'usesqform'    : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'displayinit'  : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'noresample'   : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'forcescaling' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'applyxfm'     : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'nosearch'     : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'noclamp'      : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'noresampblur' : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        '2D'           : wutils.SHOW_IF_TRUE,
+        'v'            : wutils.SHOW_IF_TRUE
     }
 
     cmd  = ['standard_space_roi', input, output]
-
-    cmd += wutils.applyArgStyle('-', valmap=valmap, **kwargs)
+    cmd += wutils.applyArgStyle('-', argmap=argmap, valmap=valmap, **kwargs)
 
     return cmd